Dopo la fine del breve periodo napoleonico (1799-1815) sul trono di Toscana ritornarono i Granduchi di Lorena che, seppure in forma ridotta, continuarono la stagione di riforme iniziata dal loro avo Pietro Leopoldo. La differenza sostanziale rispetto alle riforme tardosettecentesche fu che per tutta la prima metà dell'800 fu la Società in rapido cambiamento a richiederle con urgenza, e non fu più l'azione di una classe dirigente in netto anticipo sui tempi a proporle, per cui spesso i Granduchi si trovarono in difficoltà a soddisfare le popolazioni sempre più coscienti della necessità di cambiamento. Non è poi da dimenticare che l'azione del Governo toscano fu avversata dalla crescente idea di un Italia unita, che si concretizzò con i moti del 1848. che portarono addirittura all'allontanamento del Granduca Leopoldo II da Firenze.

E' comunque in questo periodo che si consuma la modifica totale del sistema amministrativo Toscano, con la definitiva scomparsa del Vicariato di Vicopisano(1848) sostituito dalla Pretura Circondariale (rimarrà attiva sino al 1923) che aveva competenze per reati minori rispetto a quelli del Tribunale Vicariale. Anche nella Società si riscontrano segnali di cambiamento, denotati da una maggiore diversificazione delle attività per cui accanto alla tradizionale agricoltura, che rimane comunque il settore trainante, cominciano a fare la prima timida comparsa alcune attività legate alla manifatture specializzate, come quella della ceramica nei centri di San Giovanni e Lugnano mentre a Uliveto e a Caprona è l'attività estrattiva legata alla presenza del calcare a costituire la fonte principale di reddito degli abitanti. Vicopisano invece non presenta alcun segno di cambiamento, rimanendo legato alle tradizionali attività agricole. Più in generale nella prima metà del secolo si assiste al tramonto dei trasporti fluviali, insidiati dalla migliore viabilità che viene realizzata in quegli anni e soprattutto dalla Ferrovia Leopolda, che attraversò il nostro territorio a partire dal 1847.

Proprio in questo periodo ha definitivamente termine l'opera di bonifica del territorio con il prosciugamento del Padule di Bientina ottenuto mediante la realizzazione della Botte (progettata da Alessandro Manetti e terminata nel 1859), ovverosia il sottopassaggio mediante galleria tra Canale Emissario e Arno.

Come già accennato nel 1923, con la definitiva abolizione della Pretura Circondariale, viene a cessare l'ultimo ruolo di una certa rilevanza rivestito dal paese di Vicopisano. La Seconda Guerra Mondiale ha fortunatamente risparmiato il centro storico di Vicopisano, le cui torri, diversamente da altre della zona (ad esempio il campanile medioevale della Chiesa di S. Jacopo in Lupeta di cui furono distrutti con le mine due piani), non sono state toccate dai tedeschi in ritirata. Anche i bombardamenti dell'estate del '44 non hanno fortunatamente colpito nessun edificio storico, mentre nella località di Riparotti le bombe americane uccisero diverse persone. Purtroppo si segnalano anche in zona alcune uccisoni di civili per rappresaglia, avvenute nelle ultime concitate fasi della Guerra.